いままで正常動作していて、アップデートしたら文字化け。
何でだろう？と思っていろいろ試していたらわかりました。

以前のバージョンでwp-includes/wp-db.php内をいじっていた部分がアップデートで上書きされていたせいでした。

具体的には
$this->select($dbname);
の上の行に
mysql_query("SET NAMES utf8", $this->dbh);
を追加していたもの。

新らしいwp-includes/wp-db.phpにもmysql_query("SET NAMES utf8", $this->dbh);を追記したら無事直りました。