MTエンジニアブログのonagatani氏が、クラウドサービスの「Dropbox」にMySQL Dumpデータを保存することができるMovable Typeプラグインをリリースしています。Dropboxにバックアップすることで、サーバーは元より、複数のPC間で自動同期されるのが強みのバックアップ用プラグインです。
利用するには、サーバーにCAPANモジュール「WebService::Dropbox」「Time::Piece」をインストールする必要があり、通常のプラグインよりはやや敷居が高いかもしれません。
CoreServerへのモジュールのインストールは下記サイトを参考に。