画像アップロードのサムネイルサイズの変更方法ですが、2.1.2になって対象ファイルが以下のように変更になりました。
wp-admin/admin-functions.php
wp-admin/inline-uploading.php
から
wp-admin/upload-functions.php
ファイルは変わりましたが手順は同じで、128と96の部分を4:3になるように変更するだけです。upload-functions.phpには171,128とありますが、128の部分を変更するだけで上手くいきました。