Yahooブログ検索では、RSSのアドレスが、ブログや各記事のドメインと異なる場合にクロール対象にならないそうな。

ヘッダーにFeedburnerのみしかリンクしていないと、当然クロールされず。スタートページは「Yahoo！JAPAN」が6割を見てもyahooは無視できないな～。

Yahooブログ検索のボットのユーザーエージェントが来たら本来のRSS、その他のアクセスの場合はFeedburnerという風にphpで振り分ける方法が掲載されていましたので参考にします。

• FeedburnerがYahoo!ブログ検索にインデックスされない件[to-R]

MovableTypeの場合（拡張子php設定）

テンプレートのヘッダー部分にあるRSSやATOMへのリンクを下記のものに書き換えます。

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS 2.0" href="<?= (strpos($_SERVER&#91;'HTTP_USER_AGENT'&#93;,'Y!J-BSC')===0)?"<$MTBlogURL$>index.xml":"FeedburnerのURI"; ?>" />

RSSをFeedBurnerへリダイレクトしている場合は、新しいRSSのテンプレートを作ってください。

WordPressの場合

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS 2.0" href="<?= (strpos($_SERVER&#91;'HTTP_USER_AGENT'&#93;,'Y!J-BSC')===0)?"<?php bloginfo('url'); ?>/feed/":"FeedburnerのURI"; ?>" />

FC2・DTIブログの場合

無料ブログの場合は、Feedburnerの他に最初から用意されているRSSのリンクを貼るしかできません。

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS" href="<%url>?xml">

Pingを追加する

Yahooブログ検索へ送信ping

http://api.my.yahoo.co.jp/RPC2

追記
FeedBurner側がこのことに気づいて対策を考えているようです。
Feedburner Infomation